Wbrew powszechnej opinii grypa żołądkowa należy do niebezpiecznych chorób, o bardzo ciężkim przebiegu. Główne niebezpieczeństwo wynika z wycieńczenia organizmu, który podatny jest na inne infekcje oraz z powikłań, które bardzo często towarzyszą grypie. Powikłania oprócz tego, że zaostrzają przebieg samej choroby, wydłużają ją a także w najgorszych przypadkach mogą doprowadzić do śmierci chorego.
Szczególnie niebezpieczną jest grypa występująca u dzieci, których układ immunologiczny nie jest odpowiednio silny, aby bronić się przed wirusami.
Również biegunka, która towarzyszy grypie żołądkowej u dzieci może doprowadzić do odwodnienia organizmu. Główne powikłania, jakie mogą wystąpić przy grypie żołądkowej to: zapalenie płuc, zapalenie oskrzeli, zapalenie ucha, zaostrzenie chorób przewlekłych, tych, które już wcześniej istniały, głównie dotyczy to chorób serca i płuc.